Oporavak i prve titule

Od 1995. godine rukometni klub Bosna se takmiči u prvenstvu nove države Bosne i Hercegovine, ali sa podijeljenim rukometnim savezima. Ipak, u sezonama 1997/98 i 1998/99 dolazi do doigravanja uz učešće najbolje plasiranih ekipa iz saveza sa sjedištem u Sarajevu i Mostaru, dok će tek 1999/2000 učestvovati klubovi iz Republike Srpske.
U šest odigranih prvenstava klub osvaja dva puta šampionsku titulu 1997. i 1999. godine, tri puta Kup BiH 1995, 1998 i 2001 godine. U isto vrijeme učestvuje u evropskim kup takmičenjima, gdje je Bosna davala zavidne rezultate i ostvarila 7 pobjeda i isto toliko poraza. U mlađim kategorijama u ovom periodu pioniri su trostruki, kadeti peterostruki, a juniori četverostruki prvaci države.

Prvaci, 1999 sezona

Članovi rukometnog kluba Bosne su također bili aktivni u Rukometnom savezu BiH. 5 decembra 1994. Mirsad Sirčo je imenovan za potpredsjednika Rukometnog saveza, a od decembra 1994. Kemal Vražić postaje Direktor reprezentacije, zajedno sa selektorom Nevzadom Sirčom, ljekarom dr. Seadom Mehičevićem, fizioterapeutom Asimom Kapetanovićem, te potparolom Salihom Hadžialićem, koji će raditi od 1996. do 1999, dok će Esad Konjičanin obnašati dužnost predsjednika Takmičarske komisije do 18. maja 2000.

29. decembra Rukometni savez BiH imenuje za selektora i trenera juniorske reprezentacije Antović Zdenka, a za pomoćnog trenera Alić Zaima. Od 1995. do decembra 2000. godine rukometni klub Bosna daje četrnaest omladinskih reprezentativaca, a sedam seniorskih od kojih su najpoznatiji Hadžić Adis, Džudžo Mahir, Sirčo Edhem, Dobojak Salem i Mustafić Muhamed.